El s. XIII fue el siglo del Aristotelismo en Occidente pero muchas de sus ideas fueron prohibidas porque iban en contra de los dogmas de la fe cristiana. El conflicto entre filosofía y teología hizo que se considerase a la razón como subordinada a la experiencia de la fe. Este conflicto se debió a las tres tesis averroístas que dicen que el mundo es eterno (no ha sido creado), que el alma es mortal (sólo es inmortal el entendimiento) y que una afirmación puede ser verdad teológica y su contraria, verdad filosófica (teoría de la doble verdad).
Santo Tomás rechazó las tres tesis averroístas y, sin embargo, siguió casi completamente la filosofía de Aristóteles. Santo Tomás es un filósofo realista, construye su pensamiento de lo particular a lo universal. Afirma que hay una única verdad, que puede ser conocida por varios métodos. La filosofía parte de la experiencia para conocer esa única verdad pero la teología parte de Dios como se ha revelado a sí mismo. Se da una colaboración entre filosofía y teología. Hay verdades que pueden ser conocidas tanto por la filosofía como por la teología: son los preámbulos (como por ejemplo, Dios).
Santo Tomás explica el movimiento igual que Aristóteles (como paso de la potencia al acto), pero también toma de este la distinción entre sustancia y accidente y la teoría de las cuatro causas. Afirma que Dios es acto puro y que las sustancias materiales corpóreas están compuestas hilemórficamente, pero no toda sustancia creada lo está (los ángeles).
Pero Santo Tomás afirma que la composición más profunda de todo ser finito y creado es la de esencia-existencia. La esencia es potencia de ser y la existencia es acto de ser. Aquello que actualiza a la esencia es la existencia. Ambos son dos coprincipios cocreados y no hay, por tanto, una sin la otra. La existencia de Dios está incluida en su esencia. El hombre intenta imitar el modelo divino porque está hecho a imagen y semejanza de Dios, pero no puede llegar a imitarlo de modo perfecto.
Rechazó el argumento ontológico sobre la existencia de Dios propuesto por San Anselmo "en la propia idea de Dios vemos su existencia", porque el hombre no puede conocer la esencia divina (no podemos conocer algo sin comenzar por la experiencia sensible) y afirma que sólo se puede demostrar su existencia partiendo de los efectos y no de las causas. Santo Tomás demuestra la existencia de Dios mediante las cinco Vías y, cada una de las conclusiones que obtiene son un atributo divino. Cada vía parte de una cualidad de los seres finitos: La Vía del movimiento parte del movimiento y concluye la existencia de Dios como motor inmóvil. La de la eficiencia parte de que hay causas causadas para culminar en la existencia de una causa incausada. La de la contingencia parte de los seres contingentes y concluye la existencia de Dios como ser necesario y no contingente. La Vía de los grados de perfección parte de que hay seres más y menos perfectos para concluir afirmando que hay un ser perfecto. La del orden del mundo parte del orden del mundo para concluir la existencia de una inteligencia ordenadora. La filosofía sólo puede conocer la esencia divina de modo imperfecto (por negación o eminencia).
Tomás sigue casi con exactitud la filosofía Aristotélica, aplicando la teoría hilemórfica. La unión del alma y cuerpo es una unión natural. Alma para Santo Tomás es principio intelectivo, es forma subsistente (al corromperse el cuerpo, el alma perdura) y, por lo tanto, es inmortal. El conocimiento humano es un conocimiento del compuesto: ni sólo del alma, ni sólo del cuerpo. El alma no conoce de antes. El modo de conocer es mediante la abstracción. Para Santo Tomás, no hay nada en el entendimiento que no haya pasado por los sentidos. Mediante la sensación conocemos los objetos particulares, la imaginación graba lo captado por los sentidos y el entendimiento (que también divide en paciente y agente), elabora lo percibido por ellos.
Coincide con Aristóteles en que el hombre obra por un fin, la felicidad, pero esta se encuentra para Santo Tomás en el conocimiento beatífico de Dios. Su ética es teleológica pero también es trascendente, está basada en la ley natural y está orientada por la ley positiva.