1×01 – Piloto
Michael Scofield, ingeniero de estructuras, roba un banco para ser encarcelado en la prisión de Fox River, donde su hermano Lincoln Burrows, acusado del asesinato del hermano de la vicepresidenta, va a ser ejecutado.
Una vez dentro de Fox River, Michael consigue algunos contactos que juegan un papel importante en sus planes para sacar a su hermano de allí.
Mientras tanto, los agentes Kellerman y Hale se aseguran de que la ejecución se lleva a cabo tal y como estaba planeado.
Por otra parte, el hijo de Lincoln, LJ, se mete en problemas
1×02 – Allen
Michael busca ayuda entre el resto de los presos para llevar a cabo sus planes de fuga.
1×03 – La prueba del teléfono móvil
Cuando Michael revela sus planes de escapar de Fox River a su compañero de celda Sucre, este decide no formar parte y pide ser trasladado de celda. Michael tiene ahora un nuevo compañero de celda llamado Haywire.
1×04 – Lindo veneno
Verónica continúa descubriendo información nueva sobre el caso de Lincoln y decide dedicarse por completo al caso. Cuando nadie más quiere ayudarla, Nick Savrinn le ofrece su ayuda y los dos van a ver a Lincoln.
1×05 – English, Fitz o Percy
Kellerman y Hale chantajean al papa. Michael descubre que tendrán que salir de la prisión de Fox River antes de lo previsto. Verónica empieza a sospechar de sus aliados.
1×06 – Motines, taladros y el demonio (parte 1)
Michael sabotea el aire acondicionado de la prisión con el fin de provocar un encierro en la que le proporcione tiempo suficiente para llevar a cabo su plan de fuga. Sin embargo, el fuerte calor provoca un motín entre los presos que mete a Sara y a Lincoln en grandes problemas.
1×07 – Motines, taladros y el demonio (parte 2)
Los disturbios en la prisión se intensifican. Abruzzi y Sucre deciden unir fuerzas y por otra parte Michael tendrá que decidir si salvar o no la vida de la doctora Tancredi.
1×08 – El antiguo jefe
Michael descubre que un almacén fundamental en sus planes de fuga se ha convertido en una sala de descanso para los guardias de la prisión. Mientras tanto, Verónica y Nick se ven amenazados y se refugian en una antigua cabaña en el bosque, fuera del alcance de los servicios secretos.
1×09 – Tweener
La degradación que está sufriendo Abruzzi en la jerarquía de la prisión pone todo el plan de escape en peligro. Por otro lado, Michael se ve obligado a proteger al nuevo amigo de T-Bag y, en consecuencia, este amenaza con revelar el plan a los guardias.
1×10 – Juego de manos
Abruzzi lucha para volver a volver a meter a su equipo en la IP a la vez que trata de convencer a Michael de que revele ante Falzone el paradero de Fibonacci.
Por otra parte, los agentes Kellerman y Hale reciben ayuda de un profesional, ya que la vicepresidenta no está satisfecha con sus progresos hasta la fecha. Mientras tanto, un rastro de dinero que conduce a Terence Steadman lleva a Nick y Verónica a un asombroso descubrimiento.
1×11 – Y entonces fueron 7
Para gran sorpresa de todos, Michael recibe la visita de su esposa, que le trae lo que parece ser una tarjeta de crédito pero en realidad es algo completamente distinto. Después de esto, Bellick hace algunas investigaciones ya que ella le resulta extrañamente familiar
Michael descubre que su reloj, imprescindible en su plan de fuga, ha sido robado por un guardia y trata de obtenerlo de nuevo.
En el bosque, Verónica, L.J. y Nick se ven amenazados por Quinn, que está decidido a saber quién más sabe algo acerca de la conspiración.
1×12 – La excepción
Después de estudiar que todos los presos que conocen el plan de fuga no podrán cruzar la pared de la prisión, el grupo decide deshacerse de T-Bag. Ante la amenaza de que T-Bag pueda delatar al resto del grupo, Abruzzi decide tomar medidas. Sin embargo, el plan de Abruzzi sale mal. Por otra parte, Sucre recibe buenas noticias de Mari Cruz.
1×13 – Final del túnel
Abruzzi es trasladado a un hospital por una hemorragia grave. La ejecución de Lincoln está prevista para el día siguiente. Verónica gana un aliado y el agente Kellerman hace un último sacrificio para preservar la conspiración.
En la prisión, Michael busca la manera de que Lincoln se encuentre fuera de las celdas de aislamiento el tiempo suficiente para la fuga de esa noche.
1×14 – Eliminado
Tras un intento fallido de huida, los presos tienen que regresar a sus celdas sin ser detectados.
Al mismo tiempo Verónica y Nick tratan de hablar con un juez para aplazar la ejecución de Lincoln. Sara también pide a su padre, el gobernador, que aplace la ejecución para revisar el caso de Lincoln. Por su parte, Michael trata de retrasar la ejecución de Lincoln jugueteando con el cableado de la silla.
1×15 – Por la piel y los dientes
Cuando Lincoln está a punto de ser ejecutado ve a su padre un instante en el interior de la sala. Una llamada telefónica del juez Kessler en el último momento retrasa la ejecución. Después de revisar las pruebas que han surgido, el juez ordena la exhumación del cuerpo de Terence Steadman.
Mientras tanto, Michael idea un nuevo y más peligroso plan de huida que obliga a pasar a través del patio de la cárcel. Un accidente pone en peligro el nuevo plan de Michael.
1×16 – El guardián de mi hermano
Flashbacks que arrojan luz sobre las acciones pasadas que llevaron a la cárcel a Lincoln, Sucre, T-Bag y C-Note. Las bases del ingenioso plan de huida de Michael son reveladas. También se revela cómo la doctora Tancredi acabó trabajando en la prisión de Fox River.
1×17 – J-Cat
Lincoln está preocupado por el estado mental de Michael mientras que este tiene problemas para recordar algunas partes de los esquemas de la cárcel.
Más tarde Sucre tiene que ocultar el agujero de la sala de descanso de los guardias y el papa traslada a Michael a una celda incomunicada después de que este rechazara su solicitud.
1×18 – Farol
En su esfuerzo por recrear la pieza que falta del tatuaje, Michael consigue que lo trasladen al ala psiquiátrica para buscar la ayuda de Haywire. T-Bag y C-Note tendrán que unir sus fuerzas.
1×19 – La llave
Michael debe conseguir la llave de la enfermería y para ello utilizará la ayuda de un antiguo conocido. Mientras tanto, Lincoln descubre la identidad de su secuestrador y otro nuevo preso se une a la fuga.
1×20 – Esta noche
Westmoreland quiere que Michael acelere los planes de fuga y Bellick está a punto de descubrirlos. Michael tiene que decidir si involucrar o no a Sara en los planes de fuga. La lealtad de Tweener se pone a prueba. Mientras tanto, Verónica descubre que su aliado tiene una inesperada conexión con un recluso de Fox River.
1×21 – Vamos
Todo el mundo está preparado para escapar a través del cable. Nick y Verónica se ponen de acuerdo. El agente Kellerman ayuda a la vicepresidenta Reynolds a calmarse antes de su discurso.
1×22 – El vuelo
La fuga está en marcha y el papa y Bellick comienzan la búsqueda para detener a los presos fugados. Michael y los demás tienen que llegar al avión cuanto antes porque la policía les pisa los talones. Verónica descubre algo importante que puede probar la inocencia de Lincoln y la Vicepresidenta está preocupada porque está perdiendo su autoridad.
