3×01 – Orientación
Ahora, presos en una prisión panameña conocida como Sona, Michael, T-Bag, Bellick y Mahone intentan buscar una manera de salir. Pronto descubrirán que la prisión ha sido abandonada por las autoridades debido a la gran amenaza que suponen los violentos presos.
Para empezar, Michael tendrá que buscar a otro preso llamado Whistler en las alcantarillas de la prisión. Por otra parte, mientras Lincoln está extañado por la repentina desaparición de Sara, descubre que LJ se ha metido en algún tipo de problema.
3×02 – Fuego/Agua
Michael y Mahone tratan de atraer a Whistler fuera de su escondite. T-Bag gana algunos beneficios dentro de la jerarquía de la prisión mientras que el agua está a punto de agotarse. Por otro lado, en su cruzada para liberar a Michael, Lincoln se encuentra con alguna cara familiar y otras no tanto…
3×03 – Llamada en espera
Whistler dice la verdad a Michael y este intenta contactar con Sara, pero el único teléfono de la prisión se encuentra en la celda de Lechero, por lo que tendrá que conseguir la ayuda de T-Bag. Mientras tanto, Mahone lucha contra su adicción y Bellick trata de conseguir unos zapatos.
3×04 – Buenas vallas
Después de ver un paquete enviado por La Compañía, Lincoln se da cuenta de que van muy en serio. El nuevo plan de fuga de Michael depende de la electricidad. Haywire ha vuelto de entre los muertos para perseguir a un desorientado Mahone. Bellick y T-Bag reciben especial antención por parte de Lechero.
3×05 – Interferencias
Un nuevo recluso llamado Tyge llega a Sona y parece conocer a Whistler. Al ver esto, las dudas empiezan a aflorar en Michael.
Por otra parte, T-Bag consigue entrar en un nuevo área de comercio, Lincoln visita la playa con Sofía y Sucre se hace cargo de un nuevo negocio después de la muerte de su predecesor.
3×06 – La última foto
Michael amenaza con cancelar los planes de fuga a menos que vea una prueba de que Sara sigue viva. Whistler es acusado de matar a otro preso y le corresponde a Michael demostrar su inocencia y salvar su vida. Por su parte, Lincoln y Sofía ayudan a a vigilar a los guardias de la cárcel del turno de mañana.
Mientras tanto, Mahone puede tener otra manera de salir de Sona.
3×07 – Vámonos
En la cárcel, todo va mal para Michael mientras intenta crear una distracción que les ayude en la fuga. Fuera de Sona, Sucre ofrece su ayuda a Lincoln y este trata de ser más astuto que Susan, que tiene a su hijo.
3×08 – Sangre y fuego
Susan pone en peligro la vida de Michael al llevar a cabo su propio plan para liberar a Whistler. Sofía se pone al día con el pasado de Whistler. La compañía va tras Lincoln y Sucre. Lechero arroja luz sobre un túnel vacío…
3×09 – La caja caliente
El ejército panameño irrumpe en la prisión y se lleva a Michael para tenerlo incomunicado y obtener información. T-Bag reserva un puesto en la fuga y la vida de Bellick depende de una dura pelea. Fuera de la prisión, Susan tiende una trampa a Sucre.
3×10 – Sueño sucio
La degradación de Lechero acaba con el plan de fuga de Michael y mientras Sammy toma el trono de Sona. T-Bag obliga a Bellick a combatir en una pelea donde sus posibilidades de salir victorioso son muy pocas. Por otra parte, Lincoln y Sucre tienen una sorpresa preparada para Susan…
3×11 – Abajo y fuera
El plan de fuga de Michael puede estar en peligro debido a la fuerte lluvia. T-Bag y Lechero unen sus fuerzas, mientras que Bellick pretende hacer lo mismo con Mahone.
3×12 – Infierno o marea alta
Michael, Whistler y Mahone consiguen fugarse de Sona, sin embargo, Mahone es tratado como un indeseable dentro del grupo.
3×13 – El arte del negocio
A Michael y a Lincoln no les queda otra opción que utilizar a Whistler en un intercambio para salvar a LJ y a Sofía. En Sona, una cara conocida entra mientras que otro preso la abandona…
