4×01 – Scyla
Michael ha seguido la pista de Gretchen, Whistler, y Mahone hasta Los Ángeles. El caos reina en SONA cuando T-Bag, Bellick y Sucre desaparecen. Lincoln y L.J. continúan con Sofía.
4×02 – Rompiendo y entrando
Michael, Lincoln y los otros tienen un nuevo miembro en el equipo, Roland, que trabaja para copiar las tarjetas de datos. Wyatt continúa en su búsqueda de los dos hermanos.
4×03 – Cancelado
Michael intenta seguir al portador de la tarjeta para evitar volver a prisión. Wyatt encuentra información nueva sobre el paradero de Sara. T-Bag usa una nueva identidad para construirse una nueva vida.
4×04 – Águilas y ángeles
Michael y los demás siguen a otro portador hasta el consulado. T-Bag llega a Los Ángeles en busca de Michael y Lincoln. Wyatt también llega a Los Ángeles en su esfuerzo por localizar a Sara. El cuerpo de Bruce es descubierto.
4×05 – Sanos y salvos
Self localiza otra tarjeta, escondida en un edificio federal seguro y Mahone continúa buscando venganza. Mientras tanto, la nueva vida de T-Bag puede estar en peligro.
4×06 – Apagar
Toda la misión se ve en peligro cuando Mahone se mete en problemas con la ley. La hermana de Gretchen recibe una visita sorpresa. La Compañía va a por Self. T-Bag sigue siendo sospechoso en Gate.
4×07 – El duro caminos de los cinco
Lincoln, Sara, Sucre y Roland viajan a Las Vegas para conseguir la siguiente tarjeta. Gretchen recluta a T-Bag. Wyatt tiene planes para Self.
4×08 – El precio
Lincoln trabaja para recuperar la última tarjeta, que es transportada por el General. Michael y Self se ven forzados a trabajar con Gretchen. Mientras tanto, Roland sigue siendo juzgado por haber perdido el dispositivo de copia en Las Vegas.
4×09 – Grandeza conseguida
Michael, Lincoln, Sucre y Bellic se encuentran en el túnel que lleva al cuartel General de la Compañía. Gretchen se encuentra con el General. El estado de Michael continúa empeorando. La policía pregunta a T-Bag sobre la desaparición de Andy. Mahone espera su oportunidad para vengar la muerte de su hijo.
4×10 – La leyenda
A Sara no le queda otra opción que llevar a Michael al hospital ya que su estado empeora rápidamente. Sucre y Lincoln quedan a cargo de toda la operación. El agente Self hace un sorprendente aliado.
4×11 – Motín silencioso
Michael arriesga su vida entrando en el cuartel general de La Compañía junto con los otros. Gretchen intenta conseguir la última tarjeta en un encuentro con el General..
4×12 – Desinteresado
Sara toma un rehén en un intento por asegurar Scylla. Michael y Lincoln finalmente tienen un encuentro con el General y uno de los miembros de su equipo cambia de bando.
4×13 – Trato o no trato
El General trata de recuperar Scylla. T-Bag tiene ahora un nuevo compañero. Michael y Lincoln tienen una reunión importante.
4×14 – Son sólo negocios
Gretchen y Self se escapan con Scylla (y un comprador). Michael lucha con La Compañía por Scylla. Mahone pide ayuda a una vieja cara conocida. T-Bag continúa reteniendo a un par de rehenes inocentes.
4×15 – Hundimiento
Michael recibe atención médica. Mientras tanto, Charles Westmoreland ayuda a descubrir los verdaderos secretos de Scylla. Lincoln y Sucre hacen todo lo posible por recuperar Scylla antes de que sea demasiado tarde.
4×16 – El estado del sol
Lincoln y su equipo viajan a Miami tras la pista de Scylla. Michael descubre algunos secretos importantes sobre su pasado mientras Sara le busca.
4×17 – La madre Lode
Michael y Sara viajan a Miami, mientras que Lincoln se reúne con su madre. La misión de T-Bag y Self de localizar Scylla toma un giro dramático. El general se encuentra bajo mucha presión.
4×18 – Versus
Michael y Lincoln luchan por Scylla mientras Christina pone en marcha su plan. Mientras tanto, Sara recibe noticias sobre un cambio de vida. El general se vuelve cada vez más paranoico.
4×19 – S.O.B.
Un cuidadoso Michael se reúne con Christina. El General llega a Miami. T-Bag debe probarse a sí mismo ante la Compañía.
4×20 – Indios y vaqueros
Michael debe tomar una elección mientras que el caos reina en la conferencia sobre la energía.
4×21 – Tipo de cambio
Caras conocidas aparecen mientras Michael intenta hundir a la Compañía.
4×22 – Acabando con el número
Michael hace un último intento por conseguir Scylla y destruir a la Compañía.
