2×01 – La guarida de la serpiente
El SG-1 se encuentra atrapado en la nave de Klorel. Parece que la Tierra está condenada mientras las naves pirámide Goa’uld se preparan para destruirla.
2×02 – La llamada del deber
En una misión de rescate en otro planeta, Sam es poseída por un Goa’uld.
2×03 – Prisioneros
Después de ayudar a un hombre que resultó ser un asesino fugado, el SG-1 es enviado a través del Stargate a Handante, un planeta-prisión donde la fuerza bruta es la única regla.
2×04 – El Guarda
El SG-1 viaja a P7J-9989, donde descubren un hermoso jardín y una cúpula llena de extrañas cámaras metálicas, cada una de las cuales contiene a una persona inconsciente. Mientras el equipo inspecciona las cámaras, son atrapados y dejados inconscientes.
2×05 – Necesidades
Mientras Daniel es manipulado por una princesa de un planeta alienígena, el resto del SG-1 es obligado a trabajar en una mina.
2×06 – El carro de Thor
El SG-1 debe regresar a Cimmeria para ayudar a combatir contra una invasión Goa’uld mientras buscan una misteriosa sala puesta allí por el Asgard Thor.
2×07 – Mensaje en una botella
Mientras exploran un nuevo planeta, el SG-1 encuentra un orbe que emite señales electromagnéticas. Pensando que puede ser una cápsula del tiempo o algo similar, lo llevan a la tierra para hacer pruebas. Sin embargo, el objeto comienza a calentarse, entre otras cosas…
2×08 – Familia
El maestro de Teal’c, Bra’tac, llega a través del Stargate con inquietantes noticias. El Goa’uld Apofis a sobrevivido a la destrucción de su nave y ha secuestrado al hijo de Teal’c, Rya’c.
2×09 – Secretos
Jackson y Teal’c regresan a Abydos para cumplir una promesa que Daniel hizo al padre de Shau’re, Kasuf. Al llegar, Daniel descubre que su mujer, a quien no veía desde que fue tomada por un Goa’uld, está embarazada de 9 meses. El padre de este Goa’uld es Apofis, que planea usar al niño como su nuevo huesped.
2×10 – Pesadilla
Mientras exploraban el planeta BPG-3Q1, Teal’c es picado por un extraño insecto que le hace enfermar gravemente y casi morir.
2×11 – La Tok’ra (Parte 1)
A través de un sueño, la capitán Carter se ve a sí misma como Jolinar de Malkshur, corriendo a través de un laberinto de paredes azules y personas de colores vivos. Entonces ella se detiene y marca una dirección de Stargate que resulta ser la base de la Tok’ra. Mientras tanto, el padre de Sam, Jacob, tiene cáncer y empeora rápidamente.
2×12 – La Tok’ra (Parte 2)
La Tok’ra rechaza una solicitud de alianza contra los Goa’uld porque la Tierra no ofrece suficientes garantías para justificar la violación de su protocolo de seguridad. Mientras tanto, Selmak, un integrante de la Tok’ra cuyo anfitrión está a punto de morir, solicita un nuevo huesped humano. Carter sugiere a su padre, Jacob Carter, que está muriendo de cáncer.
2×13 – Espiritus
El SG-11 no ha vuelto de su misión en PCY-887, donde se ha descubierto recientemente un nuevo elemento, el Trinium. Como O’Neill se encuentra lesionado, Carter lleva esta vez al SG-1 a través del Stargate para investigar y negociar un tratado de minería con los habitantes del planeta.
2×14 – La Piedra de Toque
Esta vez la misión del SG-1 es volver al planeta PX7-941, conocido como Madrona, para estudiar la tecnología de un aparato conocido como la "piedra de toque". Sin embargo, el SG-1 es acusado por los habitantes del planeta de haber robado el artefacto.
La llamada "piedra de toque" ha sido tomada por un grupo de personas vestidas con uniformes como los del SG-1, que llegaron a través del Stargate, dejando a los habitantes sin protección ante un clima que empeora por momentos. Mientras tratan de descubrir el dispositivo, el SG-1 descubre un siniestro programa del gobierno.
2×15 – La Quinta Raza
Mientras estaba en el planeta P3R-272, el SG-1 llega a un antiguo dispositivo que descarga una gran cantidad de conocimientos en el cerebro de Jack. Jack tendrá que ayudar a Daniel a resolver misterios antiguos mientras trata de salvarse a sí mismo de una muerte debida a la creciente presión en su cerebro.
2×16 – Una cuestión de tiempo
El SG-10 se encuentra en un planeta cuando su sol se convierte en un agujero negro. El Stargate de ese planeta queda conectado con el de la Tierra, siendo imposible cerrarlo, y amenaza, primero con destruir el Comando Stargate y después el planeta entero.
2×17 – Vacaciones
Cuando el SG-1 llega a la cámara del enemigo de los Goa’uld Ma’Chello, caen víctimas de uno de sus poderosos inventos. Ma’chello toma el cuerpo de Daniel y el joven arqueólogo queda atrapado en el cuerpo de un hombre viejo y a punto de morir.
2×18 – El canto de la serpiente
Perseguido por los Goa’uld, Apofis se pone en manos del SG-1. A pesar de su terrible pasado, el SG-1 le concede refugio. Apofis, que muestra signos de haber sido torturado y está muriendo lentamente, revela que está siendo perseguido por un antiguo y poderoso Goa’uld llamado Sokar, el dios de la muerte.
2×19 – Un paso en falso
Durante una misión de reconocimiento rutinaria, la UAV se estrella en una planta similar a un cactus. Enviado para recuperar el artefacto, el SG-1 descubre que los habitantes han empezado a sufrir una enfermedad y en poco tiempo la plaga acabará con toda la raza.
2×20 – Amenaza invisible
Un joven muchacho llega al Comando Stargate y dice al SG-1 que ha llegado con su madre, miembro de la raza invisible Reetou. El muchacho anuncia que los Goa’uld destruyeron su planeta, Reetalia, y ahora un grupo de rebeldes Reetou tienen la intención de acabar con la raza humana para evitar posibles futuros huéspedes.
2×21 – 1969
El SG-1 parte en una simple misión sólo para descubrir que se encuentran en el mismo silo pero justo cuando se construyó, 30 años antes. Debido a unas anomalías en las erupciones solares mientras viajaban a través del Stargate, han sido transportados atrás en el tiempo.
Capturados por militares de los EE.UU., y sin poder decirles nada para no alterar su propia historia, tienen que escapar con la ayuda del General Hammond (en esa época sólo un teniente) y buscar el Stargate para tratar de regresar a su propio tiempo.
2×22 – Desde el fondo de la mente
Al despertar de una suspensión criogénica, O’Neill se encuentra en una versión futurista del Comando Stargate. Los médicos conectan a O’Neill a un dispositivo que convierte sus recuerdos en hologramas y le preguntan por información sobre las razas capaces de destruir a los Goa’uld.
