3×01 – Bajo el Fuego
El General Hammond lidera un arriesgado intento de rescate para recuperar al SG-1 con la ayuda de Teal’c. Mientras tanto, a bordo de la nave Goa’uld, uno de los miembros del equipo recibe un regalo de Hathor. ¿Será demasiado tarde para salvar al coronel O’Neill?
3×02 – Seth
La Tok’ra cree que un antiguo Señor del Sistema Goa’uld conocido como Seth se esconde en la Tierra haciendose pasar por un líder religioso. El SG-1 tendrá que encontrarlo con la ayuda de Selmak sin caer víctimas de sus poderes mentales.
3×03 – La Cumbre
Durante la ceremonia donde Carter va a ser ascendida a Mayor, O’Neill es transportado a una nave espacial que orbita sobre la Tierra. Allí se encuentra con un alienígena que se hace llamar Thor. Thor le dice a O’Neill que los Goa’uld están furiosos con la Tierra por la muerte de Hathor y están considerando tomar represalias. Los Asgard pretenden incluir la Tierra en el tratado de los planetas protegidos, lo que les salvará del ataque. Las negociaciones se llevarán a cabo en el SGC.
3×04 – Legado
Daniel empieza a volverse loco después de visitar un planeta donde el SG-1 encuentra 9 muertos Goa’uld. Los médicos piensan que está sufriendo los efectos de viajar a través de la puerta.
3×05 – La Curva del Aprendizaje
En la búsqueda del conocimiento, Jack, Teal’c y Daniel viajan al planeta Orban como parte de un programa de intercambio. Daniel y Teal’c permanecen en el planeta y O’Neill regresa a la Tierra junto con una joven Orbaniana, Merrin, y un hombre llamado Kalan para enseñar al SGC su valioso reactor de Naquadah. Todos se sorprenden cuando Merrin decide quedarse voluntariamente en el SGC para enseñar a Carter cómo construir un aparato tan complejo. A medida que O’Neill y Sam permanecen más tiempo con Merrin, se dan cuenta de que no es la típica chica de 11 años. Ella es increíblemente brillante pero no comprende nada sobre la diversión o sobre el juego.
3×06 – Punto de Vista
Versiones de otra realidad de Carter y Kawalsky usan el espejo quántico para llegar a un edificio secreto del área 51 en nuestro universo. En su realidad, Jack estaba casado con Carter antes de su muerte a manos de los Goa’uld, Teal’c continúa al servicio de Apofis, Kawalsky sigue vivo y Carter es una doctora civil.
La doctora Carter comienza a sufrir de distorsión temporal debido a su viaje a través del espejo y "nuestra" Carter determina que morirá a menos que regrese a su realidad. Desafortunadamente eso es también una sentencia de muerte, ya que los Goa’uld han arrasado el SGC en su universo paralelo. El SG-1 deberá utilizar sus actuales recursos y conocimientos para devolverlos a su realidad y ayudarles a derrotar a los Goa’uld.
3×07 – El Cazarrecompensas
El equipo es capturado por un cazarrecompensas que tiene pensado utilizarlos para capturar a un Goa’uld, pero no todo es como parece…
3×08 – Demonios
El SG-1 llega a un pueblo medieval y libera a Mary, una joven que ha sido dejada fuera atada a una estaca. Simon, fraile del pueblo y amigo de Mary, explica que ella era un sacrificio para el demonio que ha invadido su aldea. El lider del pueblo la escogio como sacrificio cuando confundieron su enfermedad con una posesión.
Cuando el demonio llega y no encuentra ningún sacrificio, promete destruir el pueblo el próximo día a menos que 5 personas sean ofrecidas como sacrificio. Pero el SG-1 reconoce a su "demonio" y piensan un plan para destruirlo pero el lider les condena para ser sacrificados.
El SG-1 tendrá que convencer a Simon para ir en contra de sus creencias y así salvar a todos y librar al pueblo de su demonio para siempre.
3×09 – Reglas de batalla
Al salir del Stargate, el SG-1 se encuentra en medio de una batalla. Un grupo de soldados del comando Stargate luchan contra un ejército Jaffa. Pensando que los soldados son los hombres desaparecidos en combate del SG-11, O’Neill y los otros les prestan ayuda.
Mas tarde, el SG-1 despierta en el campo de entrenamiento de los soldados, con dolor de cabeza y sin armas. El lider del campamento, el Capitán Rogers, cuenta que sus órdenes son practicar la batalla usando armas terrícolas no letales hasta el regreso de Apofis.
O’Neill les explica que Apofis ha muerto pero no le creen y continúan con sus juegos de guerra, mucho mas peligrosos ahora que sus armas confiscadas han ido a parar accidentalmente al campo de batalla.
3×10 – La Eternidad en un Dia
En medio de una batalla, Daniel y Amonet se reúnen en una tienda de campaña. Amonet utiliza su dispositivo de muñeca con Daniel y este se desmaya. Cuando despierta, Amonet (y Sha’re) están muertos. Daniel está muy deprimido y renuncia al proyecto Stargate, pero cuando se levanta a la mañana siguiente, Sha’re está a su lado. Todas las señales le dicen que Sha’re está muerta, sin embargo Daniel no deja de verla por todas partes. ¿Habrá algo que la esté haciendo volver para encontrar la paz?
3×11 – Pasado y Presente
El SG-1 viaja a un planeta en el que sus habitantes no recuerdan nada de sus vidas desde un evento desconocido al que llaman el "Vorlix" e informan de que sus mayores y niños han desaparecido. Pero el planeta se enfrenta a una devastación completa a menos que la memoria de la gente puede ser restaurada.
Los habitantes del planeta presentan a Ke’ra, una joven brillante que ha llegado a ser la líder de su pueblo. Ella y Daniel desarrollan una mutua atracción. Ke’ra vuelve a la Tierra con el SG-1 con la esperanza de que sus investigaciones sobre el Vorlix ayuden a encontrar una cura. Pero a medida que la investigación avanza, el SG-1 empieza a sospechar que Ke’ra no es quien aparenta.
3×12 – Los Recuerdos de Jolinar
La Tok’ra viene a la Tierra y dice a Sam que su padre ha sido capturado y es prisionero de Sokar en un planeta que en la Tierra sería conocido como el infierno. El SG-1 decide ir a rescatarle y toma para ello una nave, ya que el planeta carece de Stargate. Jack, Daniel, Sam y Martouf descienden a la superficie del planeta mientras Teal’c permanece en la nave para mantenerla oculta. El equipo debe localizar a Jacob y encontrar una forma de salir del planeta . Jolinar consiguió escapar tiempo atrás y sólo Sam puede recordar cómo…
3×13 – La mala hierba nunca muere
La Tok’ra descubre que Sokar va a embarcar en su nave, que está en la órbita de Netu, y va a llevar a cabo un plan para matarle: como no tienen ningún arma capaz de penetrar los escudos de Sokar, van a lanzar algún tipo de dispositivo nuclear en el núcleo de Netu. Con esto, el planeta debería explotar, junto con la nave de Sokar. El dispositivo ya está en marcha, pero Jack, Daniel, Martouf, Sam y su padre siguen en el planeta y sólo tienen 12 minutos para salir, pero antes tendrán que enfrentarse con un viejo enemigo…
3×14 – Asentamiento
El SG-1 vuelve de una misión y tiene que pasar por la enfermería para ver si traen algún tipo de enfermedad alienígena.Mientras tanto escuchan que algún tipo de sustancia se ha derramado en algún lugar del complejo. Una vez en la enfermería, todos los miembros del equipo necesitan una inyección, pero la doctora Fraiser se la inyecta con un sedante, dejándolos inconscientes. Como el simbionte de Teal’c le protege, consigue levantarse y escucha al General Hammond y a la doctora Fraiser conversando con unos alienígenas desconocidos.
Teal’c escapa y consigue despertar a Sam. Sam se las arregla para salir del complejo sin ser vista mientras Teal’c distrae al enemigo. Una vez fuera, Sam llama al Coronel Maybourne, con quien se encuentra en una cafetería. Él viene acompañado por Jack y Daniel, que explican a Sam que a estado expuesta a un gas tóxico y está teniendo alucinaciones desde entonces…
3×15 – El pretexto
Un desconocido intenta entrar a través del Stargate. Es Narim, el Tolano a quien Sam regaló a Schrodinger, su gato, a quien este envia primero a través de la puerta. A continuación utiliza su tecnología Tolana para pasar a través del iris. Narim dice al SG-1 que Klor’el (el goa’uld que poseyó a Ska’ara) se ha estrellado en un planeador de la muerte. Klor’el ha perdido temporalmente el control y Ska’ara a solicitado a los tolanos que le devuelvan su cuerpo. Jack y Daniel han sido elegidos como "abogados" para representar a Ska’ara en una ‘tríada‘, un juicio Tolano donde se decidirá si el cuerpo pertenece a Klor’el o a Ska’ara. Mientras tanto, Sam y Teal’c descubren que el goa’uld "abogado" de Klor’el hace cosas extrañas en su tiempo libre…
3×16 – Urgo
El SG-1 viaja a a un planeta aparentemente paradisíaco… sólo para volver inmediatamente a través del Stargate sin recuerdo alguno de su viaje. Pronto empiezan a tener extraños comportamientos y se encuentran con que un chip ha sido implantado en sus cabezas. El programa en el chip, llamado Urgo, puede manifestarse ante ellos como un personaje amigable y curioso que sólo ellos pueden ver, ya que interactúa directamente con sus sentidos. Urgo puede influir en sus acciones y no quiere ser desactivado y devuelto a su creador. El equipo tendrá que contactar con el creador de Urgo, Togar, y convencerle de que extraiga los chips o desconecte a Urgo.
3×17 – Cien días
Durante una expedición a un planeta civilizado, el Stargate de ese planeta es alcanzado por un meteorito, dejando atrapado a O’Neil sin ninguna esperanza de ser rescatado. Aunque lentamente, va olvidando su antigua vida y se va uniendo a la medianamente antigua civilización que habita ese planeta. Mientras tanto, el SG-1 trata de encontrar una forma de reactivar la puerta enterrada, aunque intacta, para rescatarle. La única manera de hacerlo es enviar a Teal’c a través del Stargate en una misión suicida para excavar un túnel antes de que se agote el oxígeno.
3×18 – Ni blanco ni negro
Cuando los Tolanos rechazan compartir su tecnología , incluso después de que el SG-1 salvara a su planeta de un ataque Goa’uld. Jack se enfada y roba uno de sus dispositivos. Jack no ve que estuviera equivocado y le dan a escoger entre una corte marcial o la jubilación anticipada. Jack prefiere la jubilación y mientras, el Coronel Maybourne entra en contacto con él. Maybourne le dice que hay una base secreta donde una serie de equipos se encargan de obtener tecnología alienígena por las malas cuando los equipos SG fracasan por la vía diplomática. Entonces, Jack pide ser enviado a Eudora (del episodio "Cien días") para su retiro y desde allí llama a la base de Maybourne para convertirse en un líder allí.
3×19 – Nuevas Tierras
El SG-1 descubre un planeta donde dos de sus habitantes acaban de descubrir el Stargate, que ha estado enterrado por miles de años. Cuando el SG-1 va a través de la puerta, se encuentran con uno de los descubridores, Nyan, un arqueólogo que estaba buscando pueblos antiguos. Nyan les dice que el planeta está dividido en dos religiones: una que cree que toda la vida se originó en su planeta y otra que cree que los primeros humanos llegaron usando "la puerta". Ambas partes han estado en guerra durante décadas. Desafortunadamente, el Stargate parece estar en el territorio de los que no creen en él.
Mientras tanto, el segundo cientifico a advertido a las autoridades y el ejército va tras el SG-1. Sólo Teal’c consigue escapar, pero está seriamente herido. Los otros son interrogados por el ejército, que piensa que son espías enemigos y no cree ni una palabra de lo que explican sobre que llegaron a través del Stargate. Ahora, está en manos de Teal’c rescatar al SG-1…
3×20 – Instinto Maternal
El SG-1 viaja a Kheb para localizar al niño Harcesis.
3×21 – La calavera de cristal
Al visitar un nuevo planeta, el equipo descubre una enorme pirámide, vacía excepto por una plataforma central sobre un abismo accesible sólo a través de una pasarela. Sobre la plataforma reposa una calavera de cristal rosa y Daniel no se resiste a mirar dentro, momento en que desaparece. Incapaz de localizar al doctor Jackson, el SG-1 vuelve a la tierra esperando encontrar una forma de recuperar a su amigo perdido. La única pista parece ser una calavera similar encontrada en la Tierra por el abuelo de Daniel muchos años antes…
3×22 – Justo Castigo
El episodio comienza con Daniel en la enfermería recuperándose de una apendicectomía. El resto del equipo ha sido enviado de vacaciones. O’Neill quiere ir a pescar y Carter quiere quedarse en la base trabajando en un proyecto.
Cuando O’Neill está saliendo de la base es repentinamente transportado a la nave de Thor, donde encuentra numerosas arañas mecánicas. Cuando encuentra a Thor, Jack es informado de que esos robots son "replicantes", un gran enemigo de los Asgard aún más poderoso que los Goa’uld. Thor dice a O’Neill que los Asgard necesitarán su ayuda para derrotarlos.
