5×01 – Enemigos
El SG-1 y Jacob Carter están atrapados en otra galaxia mientras que a Teal’c le lavan el cerebro para hacerle creer que el tiempo que estuvo en contra de Apofis fue todo una artimaña del Comando Stargate.
5×02 – Umbral
Bra’tac debe realizar un ritual Jaffa que llevará a Teal’c al borde de la muerte para reestablecer su verdadero yo.
5×03 – Ascensión
Carter tiene un romance con un alienígena que la sigue en secreto hasta la Tierra.
5×04 – El Quinto Hombre
O’Neill se encuentra atrapado tras las líneas enemigas mientras lucha contra un desconocido ejército Goa’uld. Teal’c, Carter y Daniel vuelven al Comando Stargate pero se enfrentan a difíciles preguntas cuando informan de que un misterioso quinto miembro del SG-1 está atrapado en el planeta con Jack.
5×05 – Cielo Rojo
Después de un viaje particularmente difícil a través del Stargate, el SG-1 llega a un planeta con una sociedad similar a la noruega. Mientras están conociendo a los habitantes, su sol cambia repentinamente a un color naranja-rojo que tiñe el planeta con un resplandor naranja. Los habitantes del planeta piensan que es el ragnarok, pero Sam descubre que el agujero de gusano por el que llegaron debía pasar directamente a través del sol y que algunos metales pesados debieron reaccionar en su interior a su paso haciendo que su espectro de luz cambiara, lo que destruirá toda la vida vegetal del planeta.
Mientras los alienígenas rezan a Freyr, un Asgard al que toman como su Dios, el SG-1 tratará de contactar con los Asgard por una vía más efectiva. Cuando los Asgard se niegan a intervenir, el SG-1 tratará de invertir el proceso por sus propios medios.
5×06 – Rito de iniciacion
Cassandra desarrolla poderes telequinéticos que amenazan con matarla. Mientras busca una cura, la doctora Fraiser descubre un oscuro secreto en el planeta natal de Cassandra.
5×07 – Bestia de Carga
Cuando un amigo de Daniel, Chaka, es secuestrado por traficantes de esclavos, el SG-1 viaja a través del Stargate para rescatarlo. Sin embargo, cuando le llega la oportunidad de ser libre, Chaka la rechaza y Daniel descubre entonces que Chaka se ha convertido en el líder de los otros esclavos Unas.
5×08 – La Tumba
El SG-1 se asocia con los rusos para buscar a uno de sus últimos equipos desaparecidos y que fueron perdidos en una pirámide de un planeta alienígena.
5×09 – Entre Dos Fuegos
El SG-1 debe salvar el planeta de los Tolanos de un misterioso desastre.
5×10 – 2001
En un planeta fundamentalmente agrícola, el SG-1 se reune con la confederación Ashen, que propone un acuerdo comercial con la Tierra.
5×11 – Medidas Desesperadas
Cuando Carter desaparece, O’Neill se asocia de nuevo con el coronel Maybourne para liberarla de las manos del NID.
5×12 – Agujero Extremo
Martin (del capítulo "Punto sin retorno") vende a Hollywood un guión para una serie de televisión basada en el Comando Stargate. O’Neill tratará de impedir el rodaje.
5×13 – Terreno de Pruebas
El SG-1 se embarca en un programa de formación de cadetes.
5×14 – 48 Horas
Un accidente con el Stargate deja a Teal’c atrapado dentro de la red Stargate forzando al Comando Stargate a pedir ayuda a los rusos.
5×15 – La Cumbre
Cuando los Señores del Sistema convocan una cumbre para hacer frente a la nueva amenaza que se cierne sobre ellos, la Tok’ra y Daniel se infiltran en la cubre y planean utilizar un veneno para acabar con todos ellos. Pero las cosas se complican cuando Osiris, todavía en el cuerpo de la doctora Sarah Kane, hace acto de presencia.
5×16 – La Ultima Batalla
Osiris es actualmente una emisaria de Anubis y pide a los Señores del Sistema que le readmitan de nuevo. Mientras tanto, Daniel, bajo un disfraz de siervo del Señor del Sistema Yu, intenta salvar a Sarah y Jacob espera en las proximidades.
5×17 – Limite de Seguridad
La Tierra se encuentra amenazada cuando el Comando Stargate descubre que el planeta se encuentra en la trayectoria de un asteroide y que colisionará con ella.
5×18 – El Guerrero
Un nuevo y carismático líder Jaffa busca alianza con el Comando Stargate y la Tierra.
5×19 – La Amenaza
El SG-1 explora un planeta y encuentra un androide inactivo que, al ser activado, piensa que es una chica humana normal y corriente.
5×20 – El Centinela
El SG-1 encuentra un planeta sitiado por las fuerzas de Lord Svarog porque un equipo del NID desactivó sus defensas. El SG-1 deberá trabajar para volver a activarlas.
5×21 – Meridiano
El SG-1 vuelve de un planeta con Daniel aparentemente muerto de intoxicación por radiación.
5×22 – Revelaciones
El SG-1 trata de rescatar a un científico Asgard de los Goa’uld.