Descartes perteneció a la corriente filosófica del s. XVII denominada racionalismo, que se opone al empirismo inglés del XVIII, y sostiene que nuestros conocimientos válidos sobre la realidad provienen del entendimiento. Afirma también que hay ideas innatas en el entendimiento, que no tienen su origen en la experiencia sensible, y que nuestro conocimiento se construye deductivamente a partir de ciertas ideas y principios evidentes.
El objetivo de Descartes era el logro de la verdad filosófica mediante la razón. Pretendía construir una filosofía que asegurase el conocimiento perfecto de todas las cosas que el hombre puede conocer.
Las dos grandes operaciones de la mente son: la intuición, que es un ver con claridad y con distinción, que no deja lugar a dudas, y la deducción, que es toda inferencia necesaria a partir de otros hechos que son conocidos con certeza. El método propuesto por Descartes, que es válido para todas las ciencias, consiste en reglas para emplear correctamente esas dos operaciones mentales. Las reglas del método son: evidencia, análisis, sntesis y enumeración.
Descartes afirma que, para lograr una primera verdad de donde se deduzcan las demás, hay que empezar dudando de todo aquello que se pueda dudar (de lo que se percibe por los sentidos, de la imposibilidad de diferenciar la vigilia del sueño y de los propios razonamientos). La duda cartesiana es universal, metódica, teorética y provisional.
Encontró la primera verdad en el cogito: "Yo no puedo dudar de que pienso, ni de que, al pensar, estoy existiendo". Sugiere como regla general que todo aquello que percibimos con claridad y distinción es verdadero. El pensamiento siempre piensa IDEAS que pueden ser de tres tipos: adventicias (parecen provenir de la experiencia sensible), facticias (provienen de la imaginación y voluntad) e innatas.
Descartes se propone examinar, para salir del cerco del pensamiento, si hay un Dios que tenga al menos tanta realidad objetiva como la idea del yo. Debía probar la existencia de un Dios, no engañador, que le asegurase la certeza del resto de las cosas. Estableció tres pruebas a partir de la idea de Dios, que es innata al alma.