Leibniz rechazó dos puntos fundamentales del cartesianismo: el mecanicismo como explicación del movimiento y la extensión de la esencia como sustancia material. Para Leibniz el atributo principal de la materia está en la fuerza (vis), y no en la extensión, por lo que el mecanicismo cartesiano es reemplazado por el dinamismo.
Afirma también contra Descartes que la materia no puede ser infinitamente divisible. Leibniz acepta la existencia de los átomos, pero no los considera últimos constitutivos de la materia, porque, al ser materiales, serían también extensos y por lo tanto divisibles. De ahí concluye que los últimos elementos deben ser elementos "no materiales", que él denomina mónadas (unidad) o átomos formales.
Las mónadas son unidades simples, inextensas, que no se pueden descomponer, de naturaleza inmaterial e infinitas en número. Cada mónada es cualitativamente distinta a las demás (no existen en la naturaleza dos seres absolutamente iguales entre sí). Son unidades de fuerza, pero ninguna puede actuar o influir sobre las demás. Las mónadas son sustancias activas: los distintos procesos que afectan a una mónada son internos a ella y no el resultado de influjo exterior alguno.
Pero, a pesar de que no existe ningún tipo de influencia entre las mónadas, el universo manifiesta un orden como totalidad. Leibniz explica esto mediante su teoría de la armonía preestablacida: Dios, al crear las mónadas, las ordenó de tal modo que, aun sin existir influencias mutuas entre ellas, el resultado de su actividad es el orden armónico de la totalidad.
Un importante problema del racionalismo es el de la intercomunicación de las dos sustancias del hombre: la armonía entre la mónada del alma y las mónadas del cuerpo. Todas las mónadas que pueblan el universo fueron sincronizadas por Dios desde el momento de su creación. Cada una de ellas refleja a todo el universo desde su particular perspectiva, desde su propio punto de referencia.
Entre las mónadas se da un orden jerárquico, dependiendo de la mayor o menor claridad con que cada una refleja el universo, y que se traduce en un mayor o menor grado de actividad interna.
- En los seres inorgánicos, la representación o percepción es inconsciente, no tienen conciencia de tal percepción. Las mónadas de los vegetales se encuentran en un grado más depurado de percepción, pero confusa, por carecer de memoria.
- En los animales se da ya una percepción consciente y clara (con memoria).
- El hombre se encuentra en el grado siguiente, donde la percepción, gracias a la mónada del alma, es autoconsciente, clara y distinta (racional), lo cual equivale a la apercepción (percepción de la percepción) con capacidad de reflexionar. En este estado se muestra también ya la apetición (apetito por las percepciones claras).
Leibniz reconoce un grado superior en esta escala para los ángeles (espíritus puros), hasta llegar a la mónada por excelencia, la percepción absolutamente clara y distinta, Dios.