4×01 – Pequeñas Victorias
Mientras Carter ayuda a los Asgard a luchar contra los replicantes, Teal’c, Daniel y O’Neill deben contenerlos desde la Tierra.
4×02 – El otro lado
Una raza alienígena, los Eurodan, contactan con el SGC y piden ayuda. El SG-1 envía ayuda humanitaria a los alienígenas, quienes han sido devastados por una guerra contra una potencia enemiga, pero debe tomar una decisión cuando Alar, el representante de los Eurodan, pide ayuda militar para luchar contra su enemigo.
4×03 – Transformaciones
La Tok’ra pide ayuda al SG-1 para probar unos misteriosos brazaletes alienígenas que confieren gran fuerza y velocidad a quienes los llevan. El SG-1 destina sus nuevos poderes a buen uso, pero pronto descubren que el efecto los brazaletes tiene un tiempo límite que pone al equipo en peligro en mitad de una misión crítica.
4×04 – Encrucijada
Un antiguo amor de Teal’c, Shan’auc, viaja a la Tierra para pedir ayuda. Ella tiene una manera de conectar con la memoria de su simbionte y convencerlo de que los Goa’uld son el mal.
4×05 – Divide y vencerás
Durante una reunión con el alto consejo de la Tok’ra, uno de los soldados del SGC los ataca antes de acabar con su propia vida. Pronto parecerá evidente que los Goa’uld tienen un nuevo arma, una técnica de control mental que puede convertir a cualquiera en un asesino programado. El SGC pronto se da cuenta de que Sam y Jack pueden ser los próximos asesinos.
4×06 – Una ventana a la esperanza
Cuando un científico alienígena activa un dispositivo creado por los Antiguos para alterar el tiempo, Jack y Teal’c quedan atrapados en un bucle temporal.
4×07 – La puerta acuatica
Los rusos piden ayuda después de revelar que tienen el segundo Stargate pero ha sido abierto y bloqueado en un planeta acuático, no sólo impidiendo el uso del Stargate del SGC, sino también poniendo en peligro la base rusa.
4×08 – Los primeros
Un equipo de arqueólogos hace un asombroso descubrimiento, un planeta que contienen simbiontes Goa’uld primitivos. Pero el planeta es también hogar de los Unas, la primera raza que actuó como anfitrión de los Goa’uld, y el SG-1 estará pronto en peligro ante los simbiontes.
4×09 – Tierra Arrasada
El SG-1 ayuda a trasladar a los residentes de un planeta propiedad de los Goa’uld hacia un nuevo mundo, pero pronto descubren que el planeta es objetivo de un intento de transformación del terreno por parte de una raza alienígena que borrará a sus nuevos habitantes.
4×10 – Bajo la superficie
El SG-1 ha sufrido un lavado de cerebro. A todos se les han dado los recuerdos de una nueva vida y han sido puestos a trabajar como esclavos en una mina de un mundo alienígena. Mientras Hammond intenta descubrir si todavía siguen vivos, el SG-1 debe luchar con sus propios recuerdos que regresan y planear su fuga.
4×11 – Punto sin retorno
Martin Lloyd, un excéntrico personaje fanático de las conspiraciones llama al SGC y demuestra tener conocimientos precisos acerca del Stargate. Martin dice poseer una nave espacial y es descartado por el SG-1 como un personaje excentrico y loco. Sin embargo, una serie de acontecimientos sugieren que puede ser más de lo que parece ser.
4×12 – Tangentes
En una prueba del X-301, un avión experimental construido a partir de un planeador de la muerte Goa’uld, algo va mal y O’Neall y Teal’c son enviados fuera de la órbita de la Tierra. Mientras el X-301 se adentra en el espacio a un millón de millas por hora, el resto del SG-1 trata de encontrar la manera de recuperarlo. Pero después de un intento fallido de alterar la trayectoria del avión, todo empieza a verse difícil. Daniel Jackson busca ayuda fuera de la Tierra y descubre que la Tok’ra tiene una nave capaz de alcanzar a O’Neill y Teal’c, pero se encuentra en una misión encubierta en territorio controlado por los Goa’uld. Con el tiempo a punto de acabarse para sus dos amigos, Daniel y Carter tendrán que encontrar la nave de la Tok’ra e interceptar el X-301.
4×13 – La maldicion
El antiguo profesor de arqueología de Daniel Jackson muere en un extraña explosión de laboratorio. Daniel vuelve a la universidad y, a medida que se reencuentra con sus antiguos compañeros, se va dando cuenta de que la muerte del profesor no puede haber sido un accidente. Descubre que uno de los que el profesor estaba estudiando, contiene una larva de Goa’uld perfectamente conservada…
4×14 – El veneno de la serpiente
Mientras visitaba Chulak para apoyar una rebelión Jaffa, Teal’c es capturado por los Goa’uld. El resto del SG-1, que desconoce su destino, es enviado a frustrar una creciente alianza entre Apofis y Heru-ur. Pero cuando llegan al lugar neutral escogido para la reunión (un antiguo campo de minas abandonado), descubren que Heru-ur ha traido un regalo para sellar el trato: un maltratado pero desafiante Teal’c. ¿Tratarán de rescatar a Teal’c? O, como argumenta Jacob Carter, ¿el éxito de la misión estará por encima de su amigo?
4×15 – Reaccion en cadena
Cuando el General Hammond anuncia que está pensando en dejar la dirección del CSG, O’Neill empieza a sospechar que hay alguien más detrás. Resulta que O’Neill tiene razón cuando descubre que el NID está detrás del cambio de mando. Hartos de la incapacidad del General para conseguir tecnología alienígena por encima de cualquier cosa, ellos deciden presionarle para que dimita. Cuando Hammond es sustituido, el SG-1 es separado y a Carter se le asigna la tarea de construir una bomba de Naquadah capaz de acabar con un planeta.
4×16 – 2010
Nueve años en el futuro, los Goa’uld han sido derrotados gracias a la alianza con una avanzada raza alienígena. Tecnología de transporte y viajes a través de Stargate por todo el planeta son ahora comunes. Sin embargo, Carter descubre que la mayoría de la raza humana ha sido secretamente dejada estéril por los nuevos aliados. Ella y los otros miembros del SG-1 deben modificar el Stargate para viajar a través del tiempo (hecho por primera vez en el episodio "1969") y enviar un mensaje a sus homólogos del año 2001 para prevenir que contacten con la raza alienígena.
4×17 – Poder absoluto
Daniel recupera al hijo de Apofis, el Harcesis, que tiene las memorias de todos los Goa’uld y por eso lo quiere el SG-1, para derrotar a su enemigo. A Daniel le son dados todos los conocimientos, pero pronto empieza a utilizarlos de manera tiránica y usurpa la autoridad para construir un anillo de satélitas capaz de repeler a los Goa’uld. Pronto, sólo Jack podrá acercarse a él lo suficiente como para detenerle antes de que Daniel tome por completo el mundo en nombre de la paz.
4×18 – La Luz
Un miembro de otro equipo, al regresar de una misión en un planeta alienígena, se suicida. El resto de su equipo entra en coma y Daniel, que también visitó el planeta, intenta suicidarse. Cuando el SG-1 viaja al planeta, descubren una luz hipnótica que no sólo produce lagunas mentales, sino que también altera su fisiología para que no puedan dejar el planeta sin entrar en una profunda depresión y morir. Atrapados en el planeta, encuentran a un chico que parece ser inmune a los efectos de la luz, pero que perdió a sus padres. El equipo deberá encontrar una forma de superar la adicción a la luz o quedará atrapado para siempre.
4×19 – Prodigio
Durante una visita a la academia de las fuerzas aéreas, Carter conoce a Jennifer Hailey, una prometedora joven cadete aunque algo rebelde. Carter ve un gran potencial en ella, pero Jennifer parece empeñada en sabotear su futuro en las fuerzas aéreas. Carter decide enseñarle lo que podría llegar a ser si continúa en la academia llevándola a través del Stargate. Las dos visitan una base de investigación en otro planeta donde Teal’c y O’Neill protegen a un grupo de científicos. Pero lo que debía ser una misión rutinaria se convierte en algo peligroso cuando son atacados por unas formas de vida alienígena.
4×20 – El Ente
El comando Stargate es infectado por un virus alienígena que se descarga en sus ordenadores y accede a información sensible del CSG y de su personal.
4×21 – Doble riesgo
El SG-1 regresa a un planeta al que ayudaron a librarse de la esclavitud por parte de los Goa’uld. Con la ayuda del SG-1, la gente de este planeta podrá rebelarse de nuevo contra las fuerzas de Heru’ur y conseguir su libertad. Ahora se enfrentan a un vengativo Cronus, que está decidido a hacerlos pagar por su insolencia.
4×22 – Éxodo
El CSG está prestando su nave Goa’uld a sus buenos amigos y aliados, la Tok’ra, para que puedan trasladarse a un planeta fuera del sistema del Stargate. Sin embargo, Tanith es capturado y dice a Apofis dónde se encuentra la Tok’ra.