6×01 – Redención (parte 1)
El Comando Stargate ha sido atacado por Anubis, que tiene un dispositivo capaz de usar un Stargate para destruir otro. Con un agujero de gusano llamando al Stargate de la Tierra, el Comando Stargate no puede contactar con sus aliados alienígenas para pedir ayuda. Carter trabaja duramente para encontrar una solución.
Mientras tanto, Teal’c está fuera de la Tierra preparando el funeral de su mujer y su hijo piensa que ella no habría muerto si él no se hubiera unido a la lucha contra los Goa’uld.
6×02 – Redención (parte 2)
Esperando pruebas de que los Goa’uld no son dioses y que pueden ser detenidos, Rya’c insiste a Teal’c para que le permita unirse a la batalla y pueda ver él mismo de qué se trata.
Junto con Bra’tac, deducen el planeta desde el que Anubis está lanzando su ataque contra la Tierra y se proponen sabotear su arma. Mientras taanto, en la Tierra, los esfuerzos continúan para buscar la manera de prevenir la catástrofe que produciría la explosión del Stargate.
6×03 – Descenso
El SG-1 está en una misión de salvamento para conseguir una nave Goa’uld dejada por Anubis.
6×04 – Congelada
Los estudios del Comando Stargate sobre el emplazamiento de la puerta de la Antartida revelan a una mujer sepultada bajo el hielo.
6×05 – Noctámbulos
Carter, Teal’c y Jonas investigan la muerte de un científico que tiene conexión con los Goa’uld y encuentra un pequeño pueblo donde sus habitantes son parte de un expermiento secreto…
6×06 – Abismo
Jack es capturado por un Goa’uld llamado Ba’al después de una misión que va mal. Su única posibilidad de salvación está en las manos de Daniel.
6×07 – Operación imaginaria
El mentor de Jonas Quinnn le visita para decirle que su gente está a punto de usar una mortífera bomba en su guerra entre naciones.
6×08 – Los otros héroes
Mientras escoltaba a unos físicos en una misión en otro planeta, el SG-1 es capturado por un Goa’uld que espera conseguir un favor de Anubis. Un par de científicos que veneran al SG-1 consiguen escapar y deberán rescatarlos.
6×09 – Lealtades
Hay un asesino en el campamento alfa del Comando Stargate pero ¿será un Jaffa? ¿o será un miembro de la Tok’ra?
6×10 – La Cura
El SG-1 recibe una oferta de una medicina milagrosa procedente de un planeta alienígena.
6×11 – Prometeo
Durante una gira por el nuevo X-303, también llamado Prometeo, la nave es tomada por un grupo de agentes renegados del NID.
6×12 – Selección Antinatural
Usando el Prometeo, el SG-1 llega a un planeta controlado por los replicantes donde el tiempo va más deprisa debido a la tecnología Asgard. Esperan invertir el funcionamiento de la máquina para congelar a los replicantes en el tiempo.
6×13 – Ilusiones
Después de que el SG-1 llega a la Tierra con un dispositivo Antiguo, criaturas incorpóreas de aspecto similar a insectos empiezan a aparecer en el Comando Stargate.
6×14 – Humo y Espejos
Jack se convierte en el principal sospechoso de un intento de asesinato al senador Kinsey y el resto del equipo trabaja para ayudarle.
6×15 – Paraíso Perdido
Maybourne ofrece revelar la localización de un arma alienígena pero sólo si se le permite ir. Una vez allí, Maybourne trata de engañar al SG-1 y es teletransportado junto con Jack a lo que el piensa que es "Utopía". Sin embargo, la civilización que pareció haber una vez en Utopía está ahora muerta…
6×16 – Metamorfosis
El SG-1 descubre que Nirrti ha continuado con sus experimentos de crear el hok’taur, el anfitrión humano perfecto.
6×17 – Revelaciones
La existencia del Stargate es revelada al resto de grandes países.
6×18 – Abandonados
Fuera de la Tierra, el SG-1 descubre una nave-prisión de transporte estrellada y se encuentran a sí mismos atrapados entre guardias y presos.
6×19 – Sustitución
Teal’c comienza a tener sueños en los que él y el resto del SG-1 son bomberos y no puede distinguier entre qué es un sueño y qué realidad.
6×20 – Recuerda
Durante una prueba de vuelo del Prometeo, la hipervelocidad se sobrecarga, forzando al SG-1 a ir a un planeta cercano esperando encontrar un Stargate. El único problema es que la puerta ha sido enterrada en un paradero desconocido.
6×21 – Profecía
En P4S-237 Jonas empieza a tener visiones del futuro y de Lord Mot destruyendo al SG-1.
6×22 – Punto de Partida
El SG-1 debe defender Abydos de Anubis, que ha venido para tomar el "Ojo de Ra", un objeto con un legendario poder…